喀纳斯湖的发现好像没有说是什么年代，估计是当地有了人居住后，才发现了再说个湖泊，出名时间是当地牧民在湖边的马是，牛失踪后才有了名气，也就是说这湖里有水怪！六十年代初，名声大噪，随着传播信息的发达，国人这才大量的来此地观看水怪。
经第二次大冰期的巨大复合山谷冰川掘蚀而形成，当时冰川长数千米以上，冰川厚度约200－500米，冰舌末端稳定在湖口，并处于平衡状态，逐渐在喀纳斯湖口堆积了宽约1千米、高50－70米的由多道岗洼地组合而成的终碛垄，最外一道高约20米，呈弧形外凸的垄岗，内侧一道以斜坡与湖面衔接。终碛垄起伏不平，由粗细不同的冰碛块石、砂与粘土等混合物质组成。后期因气候转暖，冰川迅速退缩，形成了现在的喀纳斯湖。
喀纳斯湖在中国众多湖泊中是唯一属于北冰洋水系的湖泊。喀纳斯湖在成因上，属于冰碛堰塞湖。喀纳斯湖以其变幻莫测的色彩而闻名于世。喀纳斯湖的颜色因季节和天气的不同而不同。它在一天内变化好几次，从深绿色到天蓝色，再到灰色和白色。长长的豆状湖泊倒映着周围的雪山。在秋天，它呈现了一个风景如画的森林在丰富的颜色与金色、红色、蓝色和绿色，这激发了你的视觉和感官。
喀纳斯河流域位于阿尔泰山主峰——友谊峰、奎屯峰南坡，流域周围山体呈阶梯层状断块山，由于第四纪初期以来的冰川强烈刻蚀作用，角峰、刃脊、古冰斗、U形谷、悬谷、冰碛垄、冰碛湖及融冻泥流阶地非常发育。从古冰川地貌可以分辨出这里曾出现过较明显的三次冰期，喀纳斯湖是经第二次大冰期的巨大复合山谷冰川掘蚀而形成，当时冰川长数千米以上，冰川厚度约200－500米，冰舌末端稳定在湖口，并处于平衡状态，逐渐在喀纳斯湖口堆积了宽约1千米、高50－70米的由多道岗洼地组合而成的终碛垄，最外一道高约20米，呈弧形外凸的垄岗，内侧一道以斜坡与湖面衔接。终碛垄起伏不平，由粗细不同的冰碛块石、砂与粘土等混合物质组成。后期因气候转暖，冰川迅速退缩，形成了现在的喀纳斯湖。
喀纳斯湖深藏在千岭万壑的阿尔泰山间，属于喀纳斯河流域范围，河水补给主要靠阿尔泰山友谊峰、奎屯峰冰川积雪融水及湖区自身降水。
喀纳斯河则发源于阿尔泰山主峰——友谊峰的南坡喀纳斯冰川，全长约125公里，由东北向西南流，在贾登屿与禾木河汇聚成布尔津河，最后注入额尔齐斯河，属北冰洋水系。近些年，通过实地测量发现：喀纳斯湖的入水量要比出水量小得多，可是多年过去了也不见湖水水位快速下降，估计在喀纳斯湖底有地下暗流或者其他补给水源。
