区别在于以下三点
1，开放时间不同
2，票价不同
3，包含景点不同。
南园开放时间：8:00开园，16:00停止入园，17:00闭园。
北园开放时间：(3月16日—11月15日)6:00开园，20:00停止入园，21:00闭园;(11月16日—3月15日)6:30开园，18:00停止入园，19:00闭园。
南园：没有单独售票
北园：有单独售票
南园：热带亚热带植物展览温室、裸子植物区、水生与藤本植物区、桑榆科植物区、牡丹园、宿根花卉园、紫薇园、月季园
北园：展览温室、盆景园、紫薇园、绚秋苑、丁香园、宿根花卉园、集秀园、牡丹园、芍药园、桃花园、月季
南京中山植物园分南北两区，北园以保护、研究、利用我国中、北亚热带植物为重点，建成包括植物系统分类园、蔷薇园、球宿根花卉园、药用植物园、盆景园、树木园、松柏园等10余个专类园;南园(植物博览园)是以热带植物宫为中心的植物博览园，有盲人植物园、禾草园、蕨类园、森林休闲区等特色专类园。
感谢关注南京中山植物园！ 北园是老园区，是我国中、北亚热带的植物研究中心，拥有专类园（区）10个；设有观赏植物中心、药用植物中心、经济植物中心等以及江苏省药用植物研究开发中心、江苏省植物迁地保护重点实验室，还有华东地区最大的植物标本馆，拥有馆藏标本70万份。
南园是中山植物园于1999年起开始建设。目前拥有以热带植物宫（三片叶子造型）为主体的11个区域，分别是展览温室、禾草园、水生园、城市景观植物区、岩石园、森林休闲区、孢子植物区、竹园、经济植物展示区、植物迷宫和原有的盲人植物园，收集活植物共3000余种。南园于2007年国庆对社会开放，并命名为“江苏省中国科学院植物研究所植物博览园”，以展示植物景观为主，兼顾科学普及和休闲游览的功能。票价：北园15元；南园45元（有学生票）
