这个问题提的很***，确实是一个问题，我愿意尝试着回答一下：
首先亮出我自己的答案，我觉得两者各有千秋，或者在伯仲之间，在藏品的价值方面很难说孰优孰劣。
分析仅限于两岸故宫的藏品，与建筑无关，单纯建筑的价值那是天壤之别，不可同日而语。
台湾故宫中脍炙人口的有几样“镇馆之宝”，像翡翠***，东坡肉奇石，毛公鼎以及北宋汝窑莲花式温碗等等。可以说，在历代名瓷的珍藏方面，台北故宫博物院因为当年文物南迁时，确实是挑选的一些比较优质并且易于搬运的藏品，具有一定的优势，这是必须正视的。
另外，台北故宫博物院的一些书画藏品也非常珍贵，像中国最早的隋代纸本绘画，以及二王的手书作品。其中还有我本人一直耿耿于怀的《鹊华秋色图》，描写我的家乡济南鹊山、华山的当年胜景。当然，这样级别的艺术珍品还有很多，单单列举任何一件，都显得以偏概全，厚此薄彼。
在宋代五大名窑的收藏方面，台北故宫的藏品显然是经过挑选的，每一件完整如新，看后令人心旷神怡。
但是北京故宫同样有过人之处。
当年文物南迁时，一些大件的物品不容易搬运的，只能就地掩藏。印象比较深的有一组战国石鼓，单个体量巨大。无论是文物价值，文字价值，艺术价值……都意义非凡，在中国先秦文明史上具有特殊的意义。像这个级别的文物怎么来看？
另外像一些翡翠山子，体量巨大，雕刻精美，人物繁多，艺术价值一流，震撼人心。像这种怎么来计算啊？
还有，像青铜器四羊方尊，司母戊大方鼎……这个级别的文物遗产，怎么能用价值高低来对比呢……即便是同样的重量级，要想对比出高低，实在是太痛苦了！
北京故宫博物院：旧称紫禁城，位于北京中轴线的中心，为中国明清两代的***宫殿，是世界上现存规模最大的宫殿型建筑，在明清两朝皇宫紫禁城的基础上，历经500年兴衰荣辱建立起来的综合性博物馆。走过近百个春秋的故宫博物院，不仅一如既往精心保管着明清时代遗留下来的***宫殿和旧藏珍宝，而且通过国家调拨、向社会征集和接受私人捐赠等方式，极大地丰富了文物藏品，院藏文物体系完备、涵盖古今、品质精良、品类丰富。现有藏品总量已达180余万件（套），以明清宫廷文物类藏品、古建类藏品、图书类藏品为主。藏品总分25种大类别，其中一级藏品8000余件（套），堪称艺术的宝库。还有宏大的宫殿建筑群，八千多间。
台北故宫博物院：收藏各类文物珍宝约65万件，素有“北京故宫看建筑，台北故宫看文物”的说法（这种说法不正确，北京故宫受古建筑场地限制，绝大多数的文物没法对外展示只能存放在文物库房）。 文物来源于抗日战争时期，当时将北京故宫博物院、古物陈列所、颐和园和国子监的重要文物南迁与此（玉器、瓷器、书法等体积小轻便的文物为主，便于展览）。 分为第一展览区（主馆）、第二展览区、天下为公牌坊、至善园、至德园、张大千纪念馆等主要部分。 三大镇馆之宝，分别是肉形石、翠玉***和毛公鼎。皆是精巧绝伦的工艺品，栩栩如生，世所罕见。
2000年以前台北故宫善于宣传自己的文物比如肉形石、翠玉***和毛公鼎，所以成名早名气大，实则小家子气。实际上北京故宫的精品更多，因为好东西太多了加之早些年内地博物馆的都不重视媒体宣传好东西都藏起来了[呲牙]，北京故宫有八千多件精品哪件当镇官之宝都不合适，所以没有什么镇馆之宝之说，近年来故宫重视对外宣传了，一批一批精品对外展示，总的来说还是北京故宫的院藏更多更好。
