巴丹吉林沙漠深居内陆地球，远离海洋，加上山岭的重重阻挡，海洋水汽难以到达，降水少气候干旱因而形成沙漠。关于巴丹吉林沙漠的湖泊形成的原因：湖泊的水源供给主要来自地下水。从地壳深处溢出来的，温度较高且稳定的热泉水，形成了沙漠中144个内陆小湖。
巴丹吉林沙漠中沙山的形成原因，其实是一个备受研究者关注的问题。以下是根据目前的研究成果，对巴丹吉林沙漠沙山形成原因的分点归纳和解释：
重力波扰动与风向作用：
巴丹吉林沙漠的东南部被雅布赖山遮挡，这种地形产生了与雅布赖山走向垂直的重力波扰动 。
同时，该地区常年吹西南风，风力将沙粒吹起并在山前堆积。重力波中的上升气流将沙子带到更高处，久而久之形成了高大的沙山。
沙化丘陵地貌：
另一种观点认为，巴丹吉林一带原本是丘陵地貌。在沙化过程中，沙粒直接覆盖在丘陵上，逐渐形成了高大的沙山。
地下水维持：
最新研究指出，巴丹吉林沙漠沙山数千年屹立不移的秘密在于其地下水。沙山表层沙子下20—30厘米处为湿沙层，沙子孔隙里含有大量水分。
下伏深大断裂带地下水上涌、水汽蒸发引起沙丘表面湿度增大、固定性增强，进而形成并维持了高大沙山。
气候干湿波动：
内蒙古自治区阿拉善盟阿拉善右旗。
巴丹吉林沙漠充满着未知性，充满了给游客的惊喜。如果只是听这个名字，可能印象不深，但它是阿拉善的主体。阿拉善沙漠大家都很熟悉，阿拉善是蚂蚁森林种树的地方之一，巴丹吉林沙漠除了是它的主体，也是中国八大沙漠之一。
巴丹吉林沙漠位于我国内蒙古自治区阿拉善右旗北部，雅布赖山以西、北大山以北、弱水以东、拐子湖以南。面积4.7万平方公里，是我国第三、世界第四大沙漠，其中西北部还有1万多平方公里的沙漠至今没有人类的足迹,海拔高度在1200-1700米之间,堪称”沙漠珠穆玛峰”。
